Aksolotl kol rejenerasyonu sürecinde epitranskriptom değişiminin MRNA modifikasyonları seviyesinde araştırılması

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: İstanbul Medipol Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, TIBBİ BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2021

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: PELİN TUĞLU

Danışman: AYŞİT Neşe

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Amfibi sınıfına ait bir semender olan Aksolotl, tetrapodlar arasında doku, organ ve tüm vücut parçalarını rejenere etme kabiliyeti konusunda "şampiyon" olarak nitelendirilen bir hayvandır. Beyin ve omurilik de dahil olmak üzere birçok organ ve uzuvlarını rejenere edebilme kapasitesi, düşük kanser insidansı, izsiz yara iyileşmesi gibi özelliklere de sahiptir. Ancak canlının sahip olduğu bu sürecin altındaki mekanizmalar hakkında hala pek çok soru işareti bulunmaktadır. Sekanslama teknolojisindeki gelişmeler ile epitranskriptom kavramına daha derin araştırmalar yapılmaya başlanmıştır. Epitranskriptom; RNA üzerinde meydana gelen modifikasyonları ve bunların gen ekspresyonu gibi biyolojik proseslerdeki rolünün incelendiği alandır. Yapılan araştırmalarda pek çok biyolojik sürecin epitranskriptom mekanizmasından etkilendiği göz önüne alındığında, son derece kompleks bir süreç olan sahip rejenerasyonun da etkilenebileceği düşünülmektedir. Bu tez kapsamında; klasik RNA dizilime ile Aksolotl rejenerasyonunun 0., 7. ve 14. günlerindeki transkriptom analizi çıkarılmış ve bununla birlikte; 0., 1., 7. ve 14 günlerindeki mRNA'da üzerinde m5C modifikasyon profiline bakılmıştır. İstatistiksel olarak anlamlı şekilde modifiye olan transkriptlerden ve zaman noktalaları arasında diferansiyel olarak yukarı ve aşağı ekpsrese edilen transkriptlerin Kyoto Genler ve Genom Ansiklopedisi (KEGG) ve Gen Ontolojisi (GO) zenginleştirme analizleri gerçekleştirildi.