Çocukluk çağı aritmilerinde yeni nesil dizileme teknikleri kullanılarak nokta mutasyonların analizi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: İstanbul Medipol Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, BİYOKİMYA ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2018
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: ERDAL FIRAT ÇARALAN
Danışman: YİĞİTBAŞI Türkan
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:ÇOCUKLUK ÇAĞI ARİTMİLERİNDE YENİ NESİL DİZİLEME TEKNİKLERİ KULLANILARAK NOKTA MUTASYONLARIN ANALİZİ Normal kalp ritmindeki bozulmalar Uzun QT, Kısa QT, Brugada, Katekolaminerjik Polimorfik Ventriküler Taşikardi (KPVT) ve Aritmogenik Sağ Ventriküler Taşikardi (ASVT) gibi hastalıklara sebep olmaktadır. Yeni nesil dizileme (YND) teknikleri kullanılarak bakılan genetik mutasyonlar ve elde edilen büyük dataların biyoinformatik araçlarla incelenmesi tanı konmasına katkı sağlamaktadır. Bu çalışmada YND ile elde edilen verilerin analizinde kullanılan ACMG, HGMD, ClinVar gibi klinik veri tabanlarının sonuçlarının kıyaslanması amaçlanmıştır. Bu amaçla, Mart 2016 - Eylül 2017 tarihleri arasında İstanbul Medipol Üniversitesi Genetik Tanı Merkezi'ne kalpte ritim bozukluğu test istemiyle gelen ≤ 16 yaşında 42 erkek, 30 kadın toplamda 72 kişi çalışma kapsamına alındı. Patojenik ve muhtemel patojenik olarak raporlanan 18 varyantdan , ACMG HGMD ve ClinVar sınıflandırmalarında sırasıyla 6, 5 ve 7 tanesi uyumlu bulundu . Klinik anlamı kesin olmayan varyant (VUS) olarak raporlanan 29 varyantdan, ACMG, ClinVar sınıflandırmasına göre sırasıyla 27 ve 12 tanesi uyumlu bulundu . HGMD veri tabanında VUS sınıflaması yapılmamıştır. HGMD ve Clin Var veri tabanlarında bulunmayan 15 varyant ACMG kriterlerine göre 13 tanesi VUS, 1 patojenik ve 1 tanesi muhtemel patojenik olarak değerlendirilmiş ve raporlanmıştır. ACMG den farklı olarak raporlanan 15 varyantın 4 tanesi farklı tanımlanmıştır. Sonuç olarak; HGMD, Clin Var, ACMG veri tabanları birbirini tamamlamaktadır. Hasta kliniği, hekimin deneyimi, güncel makalelerin henüz veri tabanları tarafından değerlendirilmemiş olması sonuçları değiştirebilmektedir. Laboratuvarın kendi veri bankası sonuçların artması laboratuvar güvenilirliğini arttıracaktır. Anahtar Kelimeler: Ritim bozukluğu, iyon kanalları, yeni nesil dizileme