Prostat kanserinde idrar proteom profili

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: İstanbul Medipol Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, TIBBİ BİYOKİMYA ANABİLİM DALI, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2017

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: FEYZA BAYRAMOĞLU

Danışman: EMEKLİ Neslin

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

PROSTAT KANSERİNDE İDRAR PROTEOM PROFİLİ Kompleks analiz sistemlerinin yer aldığı proteom çalışmalarında idrar analizi ile ilgili olası sınırlılıklar, olumsuzluklar ve sonuçlar günümüzün önemli teknik konuları arasında yer alır. Bazı klinik olgular ve sağlıklı kişilere ait biyolojik sıvılardaki mikro düzeyde ve çok sayıda proteinin aynı anda karşılaştırıldığı proteomik analizler günümüzde hastalığa spesifik biyobelirteç bulunmasında etkin bir yöntem olarak kabul edilmektedir. Bu çalışmanın amacı prostat kanserli (PCa) hastaların idrarlarında kontrol grubu ile birlikte proteom analizi yapmak, farklı teknikleri denemek, olası protein farklılıklarını tespit etmek ve daha ileride yapacağımız biyobelirteç çalışmalarına temel oluşturmaktır. Numune hazırlama aşaması idrar proteomiksi çalışmalarında çok önemli bir basamaktır. Bu sebeple çalışmamızda kullanabileceğimiz en iyi metoda karar verebilmek için sağlıklı insan idrarında 2 farklı peptidlerine ayırma metodu kullanıldı. FASP kiti ile peptidlerine ayrılan numunede 372, In-sol protokolüne göre çalışılan numunede ise 26 protein tanımlandı. Normal bir insan idrarının protein konsantrasyonu oldukça düşüktür ve proteomik analizleri engelleyen tuz konsantrasyonu ise oldukça yüksektir. Bu sebeple en efektif tuzları uzaklaştırma metodunu bulmak amacıyla idrar örneklerine, numune hazırlama aşamasında aseton presipitasyonu ve diyaliz uygulanarak sırasıyla 52 ve 10 protein tanımlandı. Ön çalışmalarımızdan elde edilen bu sonuçlar doğrultusunda asıl deney setimizi oluşturan prostat kanserli hasta ve kontrol idrarlarına aseton presipitasyonu ve FASP uygulandı. PCa grubunda 10 ve kontrol grubunda ise 5 protein tanımlandı. Her bir metodun birbirleriyle kıyaslandığında avantajıları ve dezavantajları vardır. Tüm idrar proteomunun incelenmesini sağlayacak tek bir mükemmel protokolün olmadığı bilinmektedir. Bu çalışma sonucunda en büyük miktarda ve kalitede veri elde edebilmek için birkaç numune hazırlama metodunun birlikte kullanılması gerektiği sonucuna ulaşılmıştır. Anahtar Kelimeler: Aseton presipitasyonu, Diyaliz, FASP, İn-solution, Proteomiks, Prostat Kanseri